Im südlichen Teil des Landes – auf dem Sulu-Archipel und in Mindanao – gibt es einen schon lange anhaltenden Konflikt zwischen muslimischen Separatisten, der philippinischen Regierung, Militärs und Guerilla-Gruppierungen. Der Konflikt hat historische Wurzeln. Die muslimische Bevölkerung Mindanaos kämpfte gegen die spanischen als auch gegen die US-amerikanischen Kolonialmächte. Als die Kolonialherren die Philippinen verließen, kämpfte die muslimische Bevölkerung weiter gegen die neu gegründete philippinische Republik, der sie sich nicht zugehörig fühlte. Gleichzeitig kamen immer mehr christliche Siedler aus anderen Teilen der Philippinen nach Mindanao und begannen das Land zu bewirtschaften. Landbesitz wurde zu einer wertvollen Ressource, um die sich nicht nur die christlichen Siedler und die muslimische Bevölkerung, sondern auch die indigenen Bevölkerungsgruppen im Hochland Mindanaos stritten. Seither strebt die muslimische Bevölkerung ein selbst verwaltetes Gebiet an.

Sowohl die externe als auch die interne Kolonisierung hinterließ ein vielschichtiges Konfliktpotential, das zahlreiche Gruppierungen mit Interessenskonflikten hervorgebracht hat. Durch die Vielzahl beteiligter Akteure wurden die Konflikte äußerst komplex. Als 1972 das Kriegsrecht über die Philippinen verhängt wurde, griffen die Konfliktparteien zu den Waffen. Dadurch spitzte sich der Konflikt dramatisch zu. Bis heute hat die bewaffnete Auseinandersetzung tausende Leben gekostet und Millionen Menschen in die Flucht getrieben. Sowohl die muslimischen Separatisten, als auch die Polizisten und Militärs der Regierung sind bewaffnet und üben Kontrolle auf die Zivilbevölkerung aus. Diese ist den einzelnen Konfliktparteien hilflos ausgeliefert.

Drei Gruppierungen können zu den muslimischen Separatisten gezählt werden: die Moro National Liberation Front (MNLF), die Moro Islamic Liberation Front (MILF) und Abu Sayyaf, wobei die beiden letzteren Splittergruppen der MNLF sind. Die Suche nach Frieden mit den muslimischen Separatisten erweist sich als mühseliger Prozess. Bisher hat fast jede Regierung versucht, die Friedensverhandlungen fortzuführen. Teilweise wurden Kompromisse gefunden, meistens wurden die Verhandlungen aber unterbrochen und den Regierungsspitzen fehlte es an politischen Willen, die Verhandlungen zu einem Abschluss zu bringen. Erschwert wird der Friedensprozess durch Vorurteile der christlichen Mehrheit gegenüber der muslimischen Minderheit. Auch fehlt ein Bewusstsein für die historischen Ursachen des Konfliktes und das Leid der betroffenen Bevölkerungsgruppen.