Der Mindanao-Konflikt hat Auswirkungen auf die ganze südliche Insel und das Sulu-Archipel. Die Bevölkerung in Zentral-Mindanao – die fünf Provinzen Lanao del Sur, Maguindanao, Lanao del Norte, North Cotabato und das Sultan Kudarat sowie Cotabato City – leidet am meisten unter den direkten Auswirkungen des Konflikts: Bewaffnete Kämpfe, Militärgewalt und Vertreibungen haben vor allem die arme Bevölkerung hart getroffen. Vier von zehn Haushalten in Zentral-Mindanao wurden zwischen 2000 und 2010 von ihrem Haus und Land vertrieben. Dabei ist auffällig, dass die muslimische Bevölkerung einem dreimal höherem Risiko der Vertreibung ausgesetzt ist. Die Menschen verlieren ihr Land, ihre Lebensgrundlage und den Zugang zu sozialen Diensten. Das gefährdet den sozialen Zusammenhalt. Selbst wenn die Menschen zurückkehren können, sind die Häuser oft zerstört und das Land nicht mehr fruchtbar.

Die Umstände des Friedensprozesses sind äußerst komplex. Dazu kommt, dass die Öffentlichkeit kaum über die Vorgänge informiert wird. Durch Missverständnisse und mangelnde Information haben sich im Verlauf der Jahrzehnte (negative) Vorurteile gegenüber Muslimen, Christen und indigenen Bevölkerungsgruppen, den sogenannten Lumad, ausgebildet.